啟東市交通運輸局設下列十二個內設機構：
（一）辦公室（交通戰(zhàn)備辦公室）。組織協(xié)調局機關行政日常事務工作，指導全市交通運輸系統(tǒng)文秘工作；負責文秘、信息、信訪、機要、保密、檔案和人大代表建議、政協(xié)委員提案辦理工作；負責起草局綜合性文稿、重要報告，編纂史志、年鑒，負責有關會議的組織工作；負責局機關資產管理、車輛管理、安全保衛(wèi)、后勤保障、對外接待等工作；負責全市國防交通戰(zhàn)備動員工作。
（二）人事科。負責市交通運輸系統(tǒng)黨組織建設和黨員發(fā)展、教育、管理、監(jiān)督等工作；指導交通運輸行業(yè)體制改革和隊伍建設；負責機關及所屬事業(yè)單位的機構編制、干部人事、勞動工資工作；指導交通運輸專業(yè)技術職稱、技工職業(yè)技能、等級考核和人才交流、智力引進工作；負責、指導交通運輸系統(tǒng)精神文明建設及思想政治宣傳教育工作；負責市交通運輸系統(tǒng)內黨風廉政建設、反腐敗建設和作風建設工作的指導、監(jiān)督和檢查。
（三）法規(guī)科（行政服務科）。指導交通執(zhí)法隊伍建設，組織開展法制宣傳教育；承擔全市交通運輸綜合行政執(zhí)法的協(xié)調管理工作；負責交通執(zhí)法聽證制度的實施；負責行政復議和重大處罰案件的審核，協(xié)調交通行政執(zhí)法和執(zhí)法監(jiān)督工作；承辦交通行政復議案件和行政訴訟案件，承擔交通行業(yè)法律咨詢和服務工作；負責協(xié)調局屬單位內部綜合治理和調解工作，來信來訪及投訴處理工作；承擔公路、港口、海事、運輸管理、建設管理、質量監(jiān)督等交通運輸行政許可工作，并限時辦結；組織實施啟東市級交通運輸行政許可統(tǒng)一受理、統(tǒng)一審批、統(tǒng)一送達工作；負責指導推進全市交通運輸“放管服”改革工作。
（四）規(guī)劃計劃科。承擔交通工程建設項目前期管理工作；組織擬訂全市綜合交通運輸體系規(guī)劃和公路、航道、港口、民用航空等發(fā)展規(guī)劃；負責客運發(fā)展規(guī)劃和道路客貨運基礎設施發(fā)展規(guī)劃；擬定交通基礎設施建設中長期計劃和年度投資計劃；負責監(jiān)督年度投資計劃的執(zhí)行情況；組織編制有關交通工程建設項目的項目建議書、可行性研究報告，負責組織初步設計、項目概算文件的編制和報批等前期工作；組織做好專項評估工作；負責公路、航道工程施工圖設計審查與變更審批工作。
（五）工程管理科。擬訂交通工程建設質量發(fā)展目標和政策并組織實施；承擔交通建設市場監(jiān)管，監(jiān)督管理公路、航道、港口等工程建設項目招標投標工作；承擔公路、航道、港口等工程建設、運營和維護的行業(yè)管理工作，負責交通建設工程實施階段程序管理；組織和指導交通建設工程設計、施工、監(jiān)理、定額造價、試驗檢測的監(jiān)督管理；承擔交通建設市場主體的信用管理；統(tǒng)籌推進市級交通重大項目；參與有關交通工程建設項目交工驗收，組織竣工驗收。
（六）財務科。指導交通運輸行業(yè)財務、會計和審計工作；負責組織編報部門預決算；承擔交通運輸資金的申請、撥付、監(jiān)管及會計核算工作；組織機關及所屬事業(yè)單位開展內部審計并完善內部控制機制。
（七）安全科。組織擬訂并監(jiān)督實施公路、水路和港口安全生產政策和應急預案；負責公路、水路和港口安全生產綜合監(jiān)管；負責有關安全生產和應急處置體系建設；組織協(xié)調交通運輸行業(yè)安全生產監(jiān)管工作；承擔公路、水路和港口突發(fā)公共事件應急監(jiān)管工件；負責全市交通運輸行業(yè)單位的安全生產責任制的落實和考核工作；負責全市交通運輸行業(yè)的安全宣傳教育和安全培訓工作；依法組織或配合有關事故調查和處理工作；組織對全市交通運輸行業(yè)的安全生產評比工作。
（八）客貨運管理科。負責全市道路客運、城市客運、道路貨運、交通物流業(yè)的發(fā)展、規(guī)劃和管理工作；承擔公共汽車、出租汽車、城際客運、客運站、道路貨運等行業(yè)管理工作，指導綜合運輸體系建設，負責道路客貨運企業(yè)及站場的行業(yè)信用管理工作。
（九）水運管理科（生態(tài)環(huán)保辦公室）。承擔水路貨運行業(yè)管理工作；承擔我市內河通航水域氣象觀測、地質調查、大面積清除水面垃圾和其他可能影響內河通航安全作業(yè)行為的備案工作。貫徹落實和推進交通運輸行業(yè)污染防治工作；依法組織或參與環(huán)境污染事件調查處理工作。
（十）維修駕培科。負責全市道路運輸從業(yè)人員資格管理工作；負責做好機動車維修業(yè)戶備案制度的貫徹落實工作；負責抓好全市一二類維修企業(yè)和駕培機構的信用管理工作；負責機動車維修、機動車駕駛員培訓、營運車輛綜合性能檢測等行業(yè)管理工作；負責道路運輸車輛技術管理工作；負責全市機動車維修與駕培行業(yè)維修質量、培訓質量與收費等糾紛調解工作；指導并監(jiān)督交通運輸行業(yè)節(jié)能減排、新能源或清潔能源推廣使用工作。
（十一）港口管理科（航空辦公室）。負責全市沿江沿海及內河港口管理工作；貫徹落實全市港口發(fā)展政策和管理制度，統(tǒng)籌推進現(xiàn)代化港口體系建設和港口資源利用研究；負責全市港口岸線、陸域、水域管理和經營市場秩序監(jiān)管；負責港口設施保安履約管理工作；負責指導航道、錨地、過駁區(qū)等公用基礎設施管理工作；負責港口對外合作及港際交流；指導全市通用機場建設、運行管理和通用航空產業(yè)發(fā)展；參與協(xié)調重要航線的開辟和重大航空任務的實施。
（十二）鐵路管理科。參與擬訂鐵路規(guī)劃；配合做好鐵路項目的申報、立項、勘測、設計等前期工作；配合做好鐵路建設資金的籌措工作；按國家、省、市有關規(guī)定，協(xié)調全市境內鐵路建設的征地拆遷安置等；負責協(xié)調鐵路建設過程中的矛盾和問題，協(xié)調處理鐵路和地方建設關系；指導和協(xié)調全市鐵路站場周邊綜合配套和開發(fā)建設工作；配合做好鐵路運營方面的相關工作。